چمران در آمریكا، با همكاری بعضی از دوستانش، برای اولین بار انجمن اسلامی دانشجویان آمریكا را پایه ریزی كرد و از موسسین انجمن دانشجویان ایرانی در كالیفرنیا و از فعالین انجمن دانشجویان ایرانی در آمریكا به شمار می رفت كه به دلیل این فعالیتها، بورس تحصیلی شاگرد ممتازی وی از سوی رژیم شاه قطع می شود. او پس از قیام خونین 15 خرداد سال 1342 و سركوب ظاهری مبارزات مردم مسلمان به رهبری امام خمینی (ره) دست به اقدامی جسورانه و سرنوشت ساز می زند و به همراهی بعضی از دوستان مؤمن و همفكر ، رهسپار مصر می شود و مدت دو سال در زمان عبد الناصر سخت ترین دوره های چریكی و پارتیزانی را می آموزد و به عنوان بهترین شاگرد این دوره شناخته شده و فوراً مسئولیت تعلیم چریكی مبارزان ایرانی را بر عهده می گیرد .
وی به علت برخورداری از بینش عمیق مذهبی، از ملی گرایی ورای اسلام ، گریزان بود و وقتی در مصر مشاهده نمود كه جریان ناسیونالیسم عربی باعث تفرقه مسلمین می شود، به جمال عبد الناصر اعتراض كرد . ناصر ضمن پذیرش این اعتراض گفت كه جریا ن ناسیونالیسم عربی آنقدر قوی است كه نمی توان به راحتی با آن مقابله كرد . چمران نیز با تأسف تأكید می كند كه ما هنوز نمی دانیم كه بیشتر این تحریكات از ناحیه دشمن برای ایجاد تفرقه در بین مسلمانان است. از آن پس به چمران و یارانش اجازه داده می شود تا در مصر نظرات خود را بیان كنند.در سی ام خرداد ماه 1360 یعنی یك ماه پس از پیروزی ارتفاعات الله اكبر، چمران در جلسه فوق العاده شورای عالی دفاع در اهواز با حضور مرحوم آیت الله اشراقی شركت و از عدم تحرك و سكون نیروهاانتقاد كرد و پیشنهاد های نظامی خود را از جمله حمله به بستان را ارائه داد. این آخرین جلسه شورای عالی دفاع بود كه در آن شركت داشت و فردای آن روز، روز غم انگیز و بسیار سخت و هولناكی بود.
در سحر گاه سی و یكم خرداد 1360 ، ایرج رستمی فرمانده منطقه دهلاویه به شهادت رسید و شهید دكتر چمران بشدت از این حادثه افسرده و ناراحت بود. غمی مرموز همه رزمندگان ستاد، بخصوص رزمندگان و دوستان رستمی را فرا گرفته بود. شهید چمران، یكی دیگر از فرماندهانش را احضار كرد و خود، او را به جبهه برد تا در دهلاویه به جای رستمی معرفی كند . در لحظه حركت، یكی از رزمندگان با سادگی و زیبایی گفت: « همانند روز عاشورا كه یكایك یاران حسین (ع) به شهادت رسیدند، عباس علمدار او(رستمی) هم به شهادت رسید و اینك خود او آماده حركت به جبهه است.»
بطرف سوسنگرد به راه افتاد و در بین راه مرحوم آیت الله اشراقی و شهید تیمسار فلاحی را ملاقات كرد. برای آخرین بار همدیگر را دیدند وبه حركت ادامه دادند تا اینكه به قربانگاه رسیدند .
چمران همه رزمندگان را در كانالی پشت دهلاویه جمع كرد، شهادت فرمانده شان را به آنها تبریك و تسلیت گفت و با صدایی محزون و گرفته از غم فقدان رستمی، ولی نگاهی عمیق و پر نور و چهره ای نورانی و دلی مالا مال از عشق به شهادت و شوق دیدار پروردگار گفت: «خدا رستمی را دوست داشت و برد و اگرخدا ما را هم دوست داشته باشد، می برد.»
خداوند ثابت كرد كه او را نیز دوست دارد و به سوی خود فرا خواند. چمران در آن منطقه در حین سركشی به مناطق و خطوط مقدم بر اثر اثابت تركش خمپاره های دشمن به شهادت رسید .
شهید چمران